Лаборатория синтеза и анализа биоорганических соединений

Заведующий лабораторией: кандидат химических наук Байрамов Вячеслав Михайлович e-mail: v.bayramov@iab.ac.ru

Сотрудники:

Коновалова Нина Валерьевна — старший научный сотрудник;
Малюченко Олег Петрович — старший научный сотрудник;
Матвиенко Илья Валерьевич — старший научный сотрудник;
Монахова Юлия Андреевна — научный сотрудник;
Евлаков Константин Иванович — младший научный сотрудник;
Натыров Алексей Николаевич — младший научный сотрудник.

Основные направления исследований:

Разработка современных методик синтеза и анализ нуклеиновых кислот;
Разработка методик синтеза флуоресцентных красителей и гасителей флуоресценции для мечения биомолекул;
Разработка методик синтеза модифицированных олигонуклеотидов и зондов для фрагментного анализа ДНК и ПЦР в реальном времени;
Разработка методик синтеза реагентов для секвенирования ДНК;
Масс-спектрометрический анализ биомолекул;
Анализ биомолекул методами ВЭЖХ и гель-электрофореза.

Разработаны и внедрены в производство:

— методики твердофазного фосфотриэфирного синтеза фрагментов нуклеиновых кислот — ДНК и РНК;
— методики твердофазного фосфотриэфирного синтеза широкого спектра модифицированных олигонуклеотидов;
— методики очистки фрагментов нуклеиновых кислот — ДНК и РНК, а также модифицированных олигонуклеотидов с помощью обращенно-фазовой, ион-парной ВЭЖХ и электрофореза в полиакриламидном геле;
— методики синтеза флуоресцентных красителей ксантенового и родаминового рядов, полиметиновых цианиновых красителей, а также их активированных производных;
— методики синтеза эффективных гасителей флуоресценции и их активированных производных;
— методики масс-спектрометрического анализа (MALDI-TOF) фрагментов нуклеиновых кислот и широкого спектра биоорганических соединений.
Разработаны и используются для введения в состав нуклеиновых кислот новые флуоресцентные красители Sy590, Sy690 и др.

Основные научные публикации:

1. Натыров А.Н., Власова Н.А., Матвиенко И.В., Волков Е.М., Байрамов В.М., Курочкин В.Е., Алексеев Я.И. Синтез несимметричных полиметиновых цианиновых флуоресцентных красителей для анализа нуклеиновых кислот методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Биоорганическая химия. 2018. Т. 44. № 5. С. 570-580.

2. Zlobin N. RNA melting and RNA chaperone activities of plant cold shock domain proteins are not correlated / Zlobin, N., Evlakov, K., Tikhonova, O., Babakov, A., & Taranov, V. // RNA biology. — 2018. — №. just-accepted. DOI: 10.1080/15476286.2018.1506681 5,216 46,9

3. Таранов В.В. Вклад доменной структуры белков с доменом холодового шока растения Eutrema salsugineum во взаимодействие с РНК / Таранов В.В., Злобин Н.Е., Евлаков К.И., Шамустакимова А.О., Бабаков А.В. // БИОХИМИЯ. — 2018, т. 83, с. 1688 — 1699. DOI: 10.1134/S0320972518110076

4. М.Ю. Крылов, Л.П. Ананьева, О.А. Конева, М.Н. Старовойтова, О.В. Десинова, О.Б. Овсянникова, Е.Н. Александрова, А.А. Новиков, И.А. Гусева, Н.В. Коновалова, Д.A. Варламов. Влияние полиморфизма гs7574865 (G/T) гена SТАТ4 на риск развития клинических и иммунологических фенотипов системной склеродермии в русской популяции больных: результаты пилотного исследования. Терапевтический архив. 2017. N5. С.20-25.

5. Трухачев А.Л., Коновалова Н.В., Васильева Е.А., Кузнецова Д.А., Благодатских К.А., Сочивко Д.Г. Выявление SNP-маркеров и конструирование набора реагентов для внутривидовой дифференциации штаммов Yersinia pestis в ПЦР с помощью аллель-специфических зондов В сборнике: МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2017 сборник трудов IХ Всероссийской научно-практической конференции с международным участием. 2017. С. 302-303.

6. Алексеев Я.И., Малюченко О.П., Коновалова Н.В., Ефимов Д.Н., Емануйлова Ж.В., Огнева О.А., Фисинин В.И. Анализ генетического разнообразия исходных линий мясного кросса бройлерного типа СМЕНА-8. Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. 2018. № 2. С. 136-144.

7. Бородин А.М., Алексеев Я.И., Коновалова Н.В., Терентьева Е.В., Ефимов Д.Н., Емануйлова Ж.В., Смолов С.В., Огнева О.А., Фисинин В.И. Выявление вируса лейкоза птиц подгруппы К в России и его молекулярно-генетический анализ. Сельскохозяйственная биология. 2018. Т. 53. № 4. С. 842-850.

8. Соколова Е.А, Малюченко О.П., Алексеев Я.И., Кузнецова М.А., Уланова Т.И., Рогожин А.Н., Сметанина Т.И., Демидова В.Н., Морозова Е.В., Валева Е.В., Рогозина Е.В., Хавкин Э.Е. Молекулярные методы исследования и мониторинга возбудителя фитофтороза картофеля Phytophthora infestans. В кн.: Эпидемии болезней растений: мониторинг, прогноз, контроль. ВНИИФ, 2017, с. 269-279

9. Алексеев Я.И., Малюченко О.П., Коновалова Н.В., Ефимов Д.Н., Емануйлова Ж.В., Огнева О.А., Фисинин В.И. АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ИСХОДНЫХ ЛИНИЙ МЯСНОГО КРОССА БРОЙЛЕРНОГО ТИПА СМЕНА-8 Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. 2018. № 2. С. 136-144

10. V. Ustinova, T. Smirnova, D. Varlamov, Y. Monakhova, E. Larionova, S. Andreevskaya, I. Andrievskaya, L. Chernousova, A. Ergeshov. Draft Genome Sequence of a Mycobacterium heckeshornense Clinical Isolate. Genome Announc. 2018 Mar 29;6(13). pii: e00178-18. DOI: 10.1128/genomeA.00178-18.