Центр коллективного пользования научным оборудованием ВНИИСБ «Биотехнология»

Создан на базе Всероссийского научно-исследовательского института сельскохозяйственной биотехнологии Россельхозакадемии в 2008 году.

Работы выполняются при финансовой поддержке Минобрнауки РФ
Соглашение №14.621.21.0003 от 15.08.2014 г.
Номер проекта: RFMEFI62114X0003

Контакты

Адрес: г. Москва, ул. Тимирязевская, 42.
E-mail: iab@iab.ac.ru, ckp@iab.ac.ru
Тел. +7 (499) 977-7455

Руководитель ЦКП

к.б.н., Никулин Артем Валерьевич
E-mail: ckp@iab.ac.ru

Сотрудники:

  • с.н.с., к.х.н., Ермакова Наталия Владимировна
  • с.н.с. Варламов Дмитрий Александрович
  • н.с. Волков Михаил Евгеньевич
  • н.с. Боровская Светлана Владимировна
  • м.н.с. Секридова Александра Владимировна
  • м.н.с. Парыгина Наталья Андреевна

Основные направления деятельности:

  1. Обеспечение профильных организаций услугами в области анализа биологических молекул, прежде всего – нуклеиновых кислот и ферментов нуклеинового обмена с использованием уникального оборудования, наборов реагентов и методик ЦКП.
  2. Обучение специалистов современным методам анализа биологических объектов на оборудовании ЦКП.
  3. Проведение научно-исследовательских работ, опытно-конструкторских работ, направленных на:
    • получение новых знаний в области наук о жизни;
    • разработку и внедрение новых технологий анализа биологических объектов;
    • разработку и производство наборов реагентов для диагностики возбудителей социально-значимых заболеваний;
    • создание новых уникальных услуг;
    • снижение себестоимости имеющихся услуг, за счёт разработки современного высокопроизводительного научного оборудования, уникальных наборов реагентов и расходных материалов.

Приоритетные научные задачи, на решение которых ориентирован ЦКП:

Услуги:

  • Химический синтез олигонуклеотидов – ДНК, РНК, широкого спектра модифицированных олигонуклеотидов (более 50 модификаций, включая уникальные).
  • Секвенирование ДНК – плазмиды, ПЦР-фрагменты, геномное секвенирование.
  • Высокопроизводительное генотипирование - идентификация личности, различных видов животных и сортов растений, водорослей, грибов и бактерий.
  • Фрагментный анализ ДНК.
  • Сиквенс «всё включено».
  • Сиквенс «эконом».
  • Видовая идентификация бактерий.
  • Видовая идентификация эукариотических микроорганизмов (водорослей и грибов).
  • Диагностика вирусных и бактериальных возбудителей заболеваний растений, вироидов и нематод.
  • Проведение качественного и количественного анализа методом ПЦР в реальном времени.
  • Разработка наборов реагентов для ПЦР в реальном времени – изучение экспрессии генов, уникальная методика детекции однонуклеотидных полиморфизмов с использованием аллель-специфичных зондов.
  • Промышленное производство наборов реагентов на аппаратно-технологической линии, сертифицированной по ГОСТ ИСО 9001- 2011.
  • Производство диагностических наборов реагентов в условиях, отвечающих стандарту ИСО/МЭК 9001.
  • Разработка современного оборудования для анализа биологических объектов – приборов для ПЦР в реальном времени, автоматических ДНК-секвенаторов, автоматических систем выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах (уникальная методика синтеза покрытых силикой магнитных частиц с повышенной сорбционной ёмкостью), роботизированных станций.
  • Проведение спектрофотометрического и спектрофлуориметрического анализа на уникальном оборудовании ЦКП.
  • Проведение анализа широкого спектра соединений методом высокоэффективной жидкостной хроматографии (обращено-фазовая ВЭЖХ, ион-парная ВЭЖХ, ион-обменная ВЭЖХ).
  • Проведение анализа продуктов питания и сырья на содержание в них генетически модифицированных организмов с использованием собственных уникальных наборов реагентов для качественного и количественного анализа ГМО (25 уникальных наборов – самый широкий перечень в России).
  • Препаративная очистка биоорганических молекул на хроматографе Reveleris Prep/Grace (США)


Обучение на базе ЦКП:

  • Обучение современным методам анализа биологических объектов с использованием уникального оборудования и методик ЦКП.
    — выделение ДНК из различных объектов;
    — метод ПЦР в реальном времени;
    — технология качественного и количественного анализа ГМО;
    — технология определения сырьевого состава мясных продуктов;
    — технология «Фитоскрин» (диагностика вирусных и бактериальных заболеваний растений);
    — определение однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) методом ПЦР-РВ;
    — обучение секвенированию ДНК.
  • Проведение курсов повышения квалификации (стажировок) для сотрудников заинтересованных организаций.
  • Выполнение дипломных, курсовых и кандидатских работ на базе ЦКП.

Загрузить официальный бланк заявки на проведение работ


Перечень имеющихся методик/методов выполнения измерений

Дорогостоящее оборудование ЦКП:

Оборудование Страна Кол-во Характеристики
Система очистки воды MilliQ Advantage Германия 2 Степень очистки воды – тип I по ASTM;
Удельное сопротивление воды после очистки при 25°С – 18,2 МОм/см;
Производительность регулируется – до 2 л/мин;
Мощность – 160 Вт
Геномный секвенатор MiSeq Illumina США 1 Количество проточных ячеек – 1;
Максимальное количество генетической информации за запуск прибора – более 1,7 миллиарда пар оснований ДНК;
Длина прочтения – до 2 х 150 пар оснований;
Монитор – сенсорный;
Светоизлучающий диод (LED) – 530 нм, 660 нм
Автомат для мойки и дезинфекции PG8535 Германия 1 Максимальное количество программ – 64;
Нагрев – 9 кВт;
Циркуляционный насос, Qмакс – 400 л/мин;
Мощность циркуляционного насоса – 0,7 кВт;
Высота моечной камеры – 500 мм;
Ширина моечной камеры – 535 мм;
Глубина моечной камеры: верхняя корзина – 473 мм, нижняя корзина – 516 мм;
Мощность вентилятора – 0,3 кВт;
Регистр нагрева – 2,3 кВт;
Производительность по воздуху – 55 м³/час;
Настройка температуры с шагом 1ºС – 60-115;
Настройка времени с шагом 1 мин. 1-240
Прибор для ПЦР-РВ CFX-96 BioRad США 1 Объем реакционной смеси – 1-50 мкл;
Максимальная скорость изменения температуры – 5 ˚C/сек;
Точность поддержания температуры – +/-0,2 ˚С;
Количество каналов – 6;
Крышка – нагреваемая до 105°С;
Возбуждение – 6 светодиодов (450-684 нм);
Детекция – 6 фотодиодов (515-730 нм);
Диапазон возбуждения/детекции флюоресценции – 450-730 нм
Лиофильная сушка AdVantage ES США 1 Контролируемый температурный диапазон полок – от -50°C до +60°C;
Мин. температура конденсора – -53°C;
Вместимость конденсора – 3.5 литра;
Производительность конденсора – 2 литра;
Кол-во компрессоров – 1;
Время охлаждения полок от +20°C до -45°C – не более 60 минут;
Размер полок – 273 х 356 х 19 мм;
Вместимость камеры (кол-во флаконов) – 100 мл - 32 шт, 50 мл - 47 шт, 20 мл - 87 шт, 10 мл - 138 штм, 5 мл - 168 шт, 2 мл - 420 шт
Система для флэш-хроматографии GRACE Reveleris США 2 Синхронизация детекции и сбора фракций с использованием до четырех сигналов детекторов (ELSD/UV/Vis);
Распознавание широкого спектра соединений;
Максимальное восстановление благодаря использованию не более чем 50 мкл/мин вашего образца для ELSD;
До 200 мл/мин и 14 бар (200 psi)
Генетический анализатор Нанофор 05 Россия 2 Количество капилляров 8;
Формат планшета 96 x 0,2 мл
Детектор – флуориметрический 6-ти канальный в диапазоне длин
волн 520-750 нм;
Лазер – твердотельный, длина волны 488 нм;
Напряжение – до 20 кВ
Контроль температуры капилляров в диапазоне 30-60 (±0,2), °С
Автоматический синтезатор ДНК/РНК ASM-10 Россия 1 Масштаб синтеза – 20-500 микромоль;
Рабочий объем реакционных колонок – 2-20 мл;
Время цикла ДНК синтеза – 10-20 мин;
Количество емкостей для мономеров – 8 шт. (A,C,G,T, и 4 — дополнительно); Количество емкостей для вспомогательных реактивов – 8 шт.;
Онлайн мониторинг синтеза по тритилу;
Контроль давления подачи газа и реагентов;
Вибрационная система перемешивание реактивов в колонке;
Автоматическое исполнение операции Cleavage;
Рабочий газ: Гелий или Аргон
Масс-спектрометр Microflex LRF Германия 1 Ионный источник с ИК-лазером для автоматической очистки;
Безмасляная вакуумная система;
Cамодиагностика основных блоков
Лиофильная сушка 4х5х8/30, Zirbus Германия 1 Конденсатор льда:
Объём – 75-120 литров;
Размер – диаметр от 400 до 500 мм, высота 600 мм;
Выработка – от 15 до 40 кг льда;
Температура – -55 градусов (одноступенчатое охлаждение), -88 градусов (двухступенчатое);
Размораживание – с помощью пара или отключение от сети;
Камера нагрева:
Объём – 160 литров;
Размер полок – 400 х 500 мм;
Температурный режим от -44/-55 до +80 градусов
Хроматограф Gilson 305/306 США 1 Скорость потока – 0.01-10 мл/мин;
Максимальное давление – 600 бар;
Одноплунжерная подача с быстрым перезаполнением;
Диапазон длин волн – 190-700 нм;
Чувствительность – 0.001-2 AUFS;
Детектирование на одной длине волны;
Детектирование на двух длинах волн;
Получение спектра (сканирование)
Люминесцентный электронный спектрометр LS55 Perkin Elmer США 1 Однолучевой люминесцентный спектрометр, работающий в режимах флуоресценции, фосфоресценции, хеми- или биолюминесценции;
Источник – 150 Вт ксеноновая лампа, работающая в пульсирующем режиме с частотой 50 Гц;
Область длин волн – возбуждение 200-800 нм, эмиссия 200-900 нм;
Спектральная ширина щели – возбуждение 2,5-1,5 нм; эмиссия 2,5-20нм; инкремент 0,1 нм;
Скорость сканирования – 10-1500 нм/мин
Анализатор молекул ДНК ABI Prizm 3130xl США 2 Оптическая система однолучевой лазер. Длина волны – 505 нм;
Напряжение – от 100 вольт до 20 киловольт;
Автозагрузчик образцов – 96 или 384 луночный планшет;
Длины капилляров – 36, 50 см
Количество капилляров – 8
Автоматический ДНК/РНК синтезатор ASM-1000 Россия 2 Производительность – 96 олигонуклеотидов;
Масштаб синтеза – от 10 до 1000 наномоль;
Длина синтезируемых олигонуклеотидов – до 150 мономеров;
Рабочие газы: Гелий и Аргон
Спектрофотометр (NanoPhotometer) Германия 1 Диапазон измеряемой концентрации - двухцепочечной ДНК – от 2 до 18 750 нг/мкл;
Диапазон измерения оптической плотности, А (эквивалент 10 мм) - 0,05-375;
Объем образца – от 0,3 мкл;
Длина оптического пути в капле - 0,04-2 мм (0,04 мм, 0.1 мм, 0.2 мм, 1 мм и 2 мм);
Спектрофотометр ND-8000 США 1 Рабочий объем образца – 1 мкл;
длина оптического пути – 0,2 и 1 мм;
диапазон длин волн – 220-750 нм;
диапазон измерения – оптическая плотность, А (экв. 10 мм) - 0,05-75;
количество образцов – до 8;
световая индикация рабочего ряда в планшете;
Прибор для ПЦР-РВ АНК Россия 1 диапазон температур – от 4 до 99°С;
разброс температур по лункам – ± 0,15°С;
погрешность температуры в лунке в диапазоне от 40 до 95 °С, °С ± 0,1; скорость нагревания не менее – 5,0°С в секунду;
скорость охлаждения не менее – 5,0°С в секунду;
количество каналов детекции – от 5 до 8;
источник света – светодиод;
детектор света – ФЭУ

Сведения о метрологическом обеспечении:

  • Средства измерения ЦКП:
    — Приборы для ПЦР в реальном времени АНК
    — Весы
    — рН-метр
    — Дозаторы
  • Свидетельства о поверке и сертификаты калибровки
  • Свидетельства об утверждении типа средств измерения

Свидетельства о поверке и сертификаты калибровки:

Выполняемые проекты:

Документы ЦКП «Биотехнология»:

Публикации сотрудников ЦКП:

Публикации, результаты которых получены с использованием научного оборудования ЦКП «Биотехнология»:

2017 год

1. Короткие экзогенные пептиды регулируют экспрессию генов семейств CLE, KNOX1 и GRF у Nicotiana tabacum / Л.И. Федосеева, Т.А. Диловарова, В.В. Ашапкин, Ю.Ц. Мартиросян, В.Х. Хавинсон, П.Н. Харченко, Б.Ф. Ванюшин // Биохимия, 2017, том 82, вып. 4, с. 700-709

2. Cold stress increases salt tolerance of the extremophytes Eutrema salsugineum (Thellungiella salsuginea) and Eutrema (Thellungiella) botschantzevii / Shamustakimova, A. O., Leonova, Т. G., Taranov, V. V., de Boer, A. H., & Babakov, A. V. //Journal of Plant Physiology, 2017-V. 208, P. 128-138. DOI: 10.1016/j.jplph.2016.10.009

3. Генетическая паспортизация картофеля на основе мультиплексного анализа 10 микросателлитных маркеров / О.С. Колобова, О.П. Малюченко, Т.В. Шалаева, Е.П. Шанина, И.А. Шилов, Я.И. Алексеев, Н.С. Велишаева // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2017, Т. 21, № 1, С. 124 – 127.

4. Молекулярно-генетическое типирование генов, контролирующих скорость оперения крыла у кур (Gallus gallus l.), в связи с разделением по полу / Алексеев Я.И., Бородин А.М., Никулин А.В., Емануйлова Ж.В., Ефимов Д.Н., Фисинин В.И. // Сельскохозяйственная биология, 2017, Т. 52, № 2, С. 367-373

5. Изучение распространения куницеобразных (Сarnivora, Mustelidae) на среднем урале с применением анализа ДНК из экскрементов / Монахов В.Г., Колобова О.С.// Зоологический журнал, 2017, Т. 96. № 5. С. 563-568

2016 год

2015 год

    1. R. A. Komakhin, R. R. Shukurov, V. D. Voblikova, V. V. Komakhina, S. R. Strelnikova, E. M. Vetchinkina, D. A. Vysotskii, A. V. Babakov «Novel strong constitutive promoter of antimicrobial peptides gene pro-SmAMP2 from chickweed (Stellaria media)» Transgenic Research, 2015, in print
    2. Rodiger S. R as an environment for reproducible analysis of DNA amplification experiments / S Rodiger, M Burdukiewicz, K Blagodatskikh, M Jahn, P Schierack // The R Journal.- 2015.- Vol. 7/1.- P.127-150.
    3. Рогожина Т.Г. Использование микросателлитного анализа для выявления биотипов у сортов ярового рапса (Brassica napus L.) / Т.Г. Рогожина, Ю.В. Анискина, И.А. Шилов, В.В. Карпачев // Масличные культуры. — 2015.- Вып. 2.- № 162.- С. 27 — 33.
    4. Колобова О. С. Повышение точности метода видовой идентификации куньих по митохондриальной днк из экскрементов / О. С. Колобова, Н. Я. Поддубная, Д. А. Сенина, Н. П. Коломийцев, О. П. Малюченко // Зоологический журнал. — 2015. — № 12. — Том 94. — С. 1479–1482.

Партнеры


























События