НОВОСТИ И ОБЪЯВЛЕНИЯ
16 июня 2020г.
Разработан маркер GRF-2D-SSR, который может быть использован для оценки генетического разнообразия пшеницы и Ae. tauschii
Научными сотрудниками лаборатории прикладной геномики и частной селекции сельскохозяйственных растений совместно с коллегами из Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН и Всероссийского института растениеводства имени Н.И.Вавилова опубликована статья:
Kroupin Pavel Yu., Chernook Anastasiya G., Bazhenov Mikhail S., Karlov Gennady I., Goncharov Nikolay P., Chikida Nadezhda N., Divashuk, Mikhail G. Allele mining of TaGRF-2D gene 5 ’-UTR in Triticum aestivum and Aegilops tauschii genotypes // PLOS ONE. — 2020. -Том: 15. — Выпуск: 4. — Номер статьи: e0231704. — DOI: 10.1371/journal.pone.0231704
Объектом исследования стал ген TaGRF-2D, который относится к классу генов-регуляторов роста. Этот ген локализован на второй хромосоме D-субгенома мягкой пшеницы, который характеризуется наименьшим генетическим разнообразием из-за эффекта бутылочного горлышка, возникшего в результате процесса доместикации и полиплоидизации пшеницы. Учёные получили последовательность гена с помощью технологии Illumina и сэнгеровского секвенирования у 18 сортов мягкой пшеницы.
Анализ последовательности TaGRF-2D выявил полиморфизм по повтору GCAGCC в 5′ UTR области, на который был разработан молекулярный маркер GRF-2D-SSR. Оценка аллельного полиморфизма у коллекции мягкой пшеницы показала наличие часто встречаемого аллеля 5′ UTR-250 и редкого аллеля 5′ UTR-238. Анализ коллекции Aegilops tauschii, с помощью маркера GRF-2D-SSR выявил, что у наиболее вероятного донора D-субгенома пшеницы Ae. tauschii ssp. strangulata чаще встречается аллель 5′ UTR-250, в то время как у другой разновидности, Ae. tauschii ssp. tauschii, наиболее частым является аллель 5′ UTR-244. Разработанный в результате исследований маркер GRF-2D-SSR может быть использован для оценки генетического разнообразия пшеницы и Ae. tauschii.
Kroupin Pavel Yu., Chernook Anastasiya G., Bazhenov Mikhail S., Karlov Gennady I., Goncharov Nikolay P., Chikida Nadezhda N., Divashuk, Mikhail G. Allele mining of TaGRF-2D gene 5 ’-UTR in Triticum aestivum and Aegilops tauschii genotypes // PLOS ONE. — 2020. -Том: 15. — Выпуск: 4. — Номер статьи: e0231704. — DOI: 10.1371/journal.pone.0231704
Объектом исследования стал ген TaGRF-2D, который относится к классу генов-регуляторов роста. Этот ген локализован на второй хромосоме D-субгенома мягкой пшеницы, который характеризуется наименьшим генетическим разнообразием из-за эффекта бутылочного горлышка, возникшего в результате процесса доместикации и полиплоидизации пшеницы. Учёные получили последовательность гена с помощью технологии Illumina и сэнгеровского секвенирования у 18 сортов мягкой пшеницы.
Анализ последовательности TaGRF-2D выявил полиморфизм по повтору GCAGCC в 5′ UTR области, на который был разработан молекулярный маркер GRF-2D-SSR. Оценка аллельного полиморфизма у коллекции мягкой пшеницы показала наличие часто встречаемого аллеля 5′ UTR-250 и редкого аллеля 5′ UTR-238. Анализ коллекции Aegilops tauschii, с помощью маркера GRF-2D-SSR выявил, что у наиболее вероятного донора D-субгенома пшеницы Ae. tauschii ssp. strangulata чаще встречается аллель 5′ UTR-250, в то время как у другой разновидности, Ae. tauschii ssp. tauschii, наиболее частым является аллель 5′ UTR-244. Разработанный в результате исследований маркер GRF-2D-SSR может быть использован для оценки генетического разнообразия пшеницы и Ae. tauschii.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0231704
