Высококопийные тандемно организованные повторы (ТП), или сателлитная ДНК, являются важным, но все еще загадочным компонентом эукариотических геномов. ТП образуют в геномах растений кластеры со множеством схожих копий, что делает изучение ТП очень сложной задачей. Данные секвенирования Oxford Nanopore являются ценным источником информации об организации ТП на уровне отдельной молекулы. Однако, до сих пор не было создано программ для de novo идентификации ТП в необработанных («сырых») данных нанопорового секвенирования. Научные сотрудники ФГБНУ ВНИИСБ совместно с коллегами из Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта (ИМБ РАН) разработали программу NanoTRF для идентификации ТП в ридах нанопорового секвенирования, характеристики и сборки консенсусной последовательности мономера. Для работы программы требуется только файл с ридами от нанопорового секвенирования генома с небольшим покрытием (меньше 1×). Программа генерирует информативный отчет в формате html и предоставляет данные по представленности ТП в геноме, последовательности мономера и длине мономера. Кроме того, NanoTRF выполняет аннотацию последовательностей мобильных элементов (TE) внутри или рядом с кластерами ТП, и эту информацию можно использовать для выяснения того, как ТП и ТЕ коэволюционируют в геноме. Более того, авторы подтвердили с помощью FISH, что данные NanoTRF полезны для оценки хромосомной организации ТП - кластерной или рассеянной. Результаты работы показали, что NanoTRF является надежным методом для de novo идентификации сателлитных повторов в необработанных данных Nanopore без предварительной сборки. Полученные последовательности могут быть использованы во многих последующих анализах, включая помощь в сборке генома и картировании хромосом, а также разработке цитогенетических маркеров растений. Программа находится в свободном доступе: https://github.com/Kirovez/nanoTRF/